تحرص الجامعة الإسلامية كأول صـرح أكاديمي رائـد في قطاع غـزة على إنشـاء المختبرات العلمية والهندسية فقامت بتأسيس مختبـرات المواد والتربـة في مايو عام 1995م كنواة لمختبرات كلية الهندسة وذلك لدعم الدراسة الأكاديمية لطلاب كليـة الهندسـة وفتح مجـال الأبحاث العلميـة والتطبيقية لأعضـاء هيئة التدريس والدراسـات العليا وللمساهمة الفعالـة في خدمـة المجتمع في مختلف مجالات الإنشاء والتعمير. تشغل المختبرات قبـو مبنى المختبرات العلميـة بالجامعة وتضـم مختبـر لفحص الخرسانة والمواد ومختبر لفحص التربـة ومختبر الطـرق وجميعها مجهـزة بأحـدث الأجهزة العلمية المتطورة والمتكاملة .

والمختبرات حائـزة على شـهادة الأيـزو في الجـودة من مؤسسة المواصفات والمقاييس الفلسـطينية. وتتميـز المختبرات بالدقـة والسرعة في العمل و المصداقية في النتائج. ويشرف على المختبرات كوكبة من أساتذة كلية الهندسة والمهندسين والفنيين ذوي الخبرة والكفاءة العالية المتخصصة.